Biologi merupakan bagian dari sains yang memiliki sumber literasi nilai dari alam sebagai ayat kauniyah dan Alquran sebagai ayat qauliyah. Menurut An Nahlawi metode peenanaman nilai Alquran (ayat qauliyah) yang berkaitan dengan bahan ajar biologi dapat berupa : 1) iqra sebagai penjelas, 2) amtsal (perumpamaan), 3)  hiwar ( dialog), 4) targhib dan tarhib (janji dan ancaman), 5) keteladanan atau contoh perilaku (Suroso, 2006). Hal ini perlu desain perkuliahan yang memberikan kemampuan mahasiswa mengintegrasikan nilai Islam dalam materi pembelajaran biologi. Penelitian ini dilakukan pada 67 mahasiswa calon guru biologi UIN Walisongo semarang yang menempuh mata kuliah Perencanaan Pembelajaran Biologi dan bertujuan untuk mengetahui tingkat kemampuan mahasiswa calon guru biologi dalam mengintegrasikan nilai Islam (Alquran dan Hadist) dalam materi pembelajaran biologi dengan pendekatan saintifik tingkat MA/SMA. Pedoman skor  yang digunakan 67 111.6 (tidak mampu), 111.7 156.2 (kurang mampu), 156.3 210 (mampu). Hasil dari penelitian ini menunjukan kemampuan : 1) menuliskan indikator pencapaian kompetensi (IPK) pembelajaran biologi berdasarkan standar kompetensi lulusan (SKL), kompetensi inti (KI) dan kompetensi dasar (KD) : 210, 2) menguraikan secara singkat materi pokok pembelajaran sesuai kompetensi dasar (KD) dan analisis HOTS (Higher Order Thinking Skills ) : 196, 3) mengintegrasikan nilai Islam sesuai materi pokok dan menyertakan analisis HOTS (Higher Order Thinking Skills ) : 192, 4) mendesain pendekatan saintifik dalam pelaksanaan pembelajaran sesuai indikator pencapaian kompetensi (IPK) : 188, 5) menuliskan sintaks serta deskripsi kegiatan pembelajaran sesuai model pembelajaran dengan pendekatan saintifik : 189, 6) menyusun kerangka rencana penilaian mencakup komponen indikator pencapaian kompetensi, materi  pembelajaran, indikator soal, teknik penilaian, bentuk soal, nomor soal, dan kisi-kisi : 172, 7) menentukan metode penanaman nilai Islam (iqro, hiwar, amtsal, targhib & tarhib, keteladanan) yang sesuai dengan diskripsi kegiatan pembelajaran : 161, 8) Mendiskripsikan nilai moral yang dianalogikan atau perumpamaan dari nilai Islam yang diintegrasikan dan bahan ajar biologi : 144. Simpulan yang diperoleh adalah mahasiswa mampu mengintegrasikan nilai Islam dalam materi pembelajaran biologi dengan pendekatan saintifik tingkat MA/SMA.