Penalaran sistem komplek merupakan kemampuan berpikir untuk memahami berbagai komponen dan bagaimana perilaku serta interaksi yang terjadi pada sistem maupun antar sistem, seperti analisis interaksi pada tingkat mikro dan makro sehingga menuntut kemampuan berpikir secara hierarkis dan heuristik. Kesulitan membangun pemahaman secara heuristik dan hierarkhi dari sistem kompleks yang abstrak dan dinamis membutuhkan representasi dengan berbagai mode, untuk menyatakan klaim ilmu pengetahuan pada berbagai tingkat, dengan pendekatan domain tertentu. Pada sisi yang lain kerangka argumen dibutuhkan untuk membuat hubungan tentang sistem yang kompleks. Artikel ini memaparkan bagaimana kerangka pembelajaran untuk melatihkan kemampuan penalaran sistem kompleks yang melibatkan pembelajaran dengan multi representasi dan didukung argumentasi.