Ilmu pengetahuan alam (IPA) harus dipandang secara utuh sebagai batang tubuh pengetahuan, cara berpikir, dan cara penyelidikan. Pembelajaran IPA di perguruan tinggi sebaiknya mampu mengakomodasi mahasiswa untuk memperoleh pengetahuannya sendiri melalui proses berpikir tingkat tinggi. Perbaikan pembelajaran di perguruan tinggi telah dilakukan dengan kombinasi lecturing, Tanya jawab (questioning), dan penugasan. Permasalahan yang terjadi adalah teknik Tanya jawab yang potensial masih jarang ditemui dan pendidik lebih banyak menggunakan pertanyaan tertutup yang hanya menstimulasi keterampilan berpikir tingkat rendah. Makalah ini membahas mengenai teknik effective questioning pada pembelajaran IPA yang dapat mengakomodasi keterampilan berpikir tingkat tinggi mahasiswa. Kategori pertanyaan pada questioning harus disesuaikan dengan capaian kompetensi. Pendidik harus dapat memberikan waktu yang cukup bagi mahasiswa untukberpikir, memilih pertanyaan yang sesuai, serta membantu mahasiswa dalam kegiatan bertanya. Melalui teknik effective questioning ini mahasiswa dapat meningkatkan keterampilan berpikir tingkat tinggi.