Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis perbedaan penguasaan konsep antara siswa yang menggunakan pembelajaran kooperatif tipe investigasi berbantuan media animasi dengan siswa yang menggunakan pembelajaran kooperatif tipe investigasi tanpa bantuan media animasi. Metode penelitian yang digunakan adalah kuasi eksperimen dengan desain penelitianPretest-Posttes Control Group Design. Populasi penelitian ini adalah siswa kelas XI SMAN 1 Sumedang Tahun Pelajaran 2012-2013. Sampel penelitian ini diambil dua kelas (eksperimen dan kontrol) dengan teknik Cluster Random Sampling. Data diperoleh melalui soal penguasaan konsep. Hasil uji hipotesis terhadap nilai posttest menunjukkan terdapat perbedaan signifikan penguasaan konsep siswa (sig. = 0.001 < α = 0.05) antara kelas eksperimen (nilai posttest = 67,14) dan kelas kontrol (nilai posttest = 50,24). Hal ini menunjukan penguasaan konsep siswa setelah pembelajaran kooperatif tipe investigasi berbantuan media animasi lebih baik daripada pembelajaran kooperatif tipe investigasi tanpa bantuan media animasi pada materi sistem reproduksi di kelas XI.

Kata kunci: pembelajaran kooperatif tipe investigasi, media animasi, penguasaan konsep, sistem reproduksi.