Penelitian ini bertujuan mendeskripsikan keefektifan pendekatan Structure inquiry terhadap penguasaan konsep dan motivasi belajar siswa pada materi ekosistem kelas X. Penelitian ini dilaksanakan di SMANegeri 1 Comal pada semester genap tahun ajaran 2015/2016. Teknik pengambilan sampel dengan cluster random sampling sehingga didapatkan subjek penelitian yaitu kelas X MIA 2 (20 siswa) sebagai kelas kontrol dan X MIA 4 (39 siswa) sebagai kelas eksperimen. Rancangan penelitian yang digunakan yaitu Non-equivalent Control Group Design, design yang hampir sama dengan pretest-posttest control group design, hanya pada design ini kelompok eksperimen maupun kelompok kontrol tidak dipilih secara random. Hasil uji N-gain penguasaan konsep siswa pada kelas kontrol sebesar 0,31 termasuk dalam kategori sedang karena 0,30 < g ≤ 0,70, sedangkan pada kelas eksperimen sebesar 0,78 termasuk dalam kategori tinggi karena 0,70 < g. Hasil uji t penguasaan konsep siswa menunjukkan ttabel< thitung yaitu 1,85 < 2,85233, maka Ho ditolak dan Ha diterima. Sementara itu hasil analisis uji t motivasi belajar siswa menunjukkan ttabel< thitung yaitu 1,85< 5,16866, maka Ho ditolak dan Ha diterima. Kesimpulan penelitian ini adalah penggunaan pendekatan Structure inquiry berpengaruh positif terhadap penguasaan konsep dan motivasi belajar siswa pada materi ekosistem kelas X.

Kata kunci: pendekatan Structure inquiry, penguasaan konsep, motivasi belajar siswa.